Методы бикластеризации для анализа интернет-данных


         

В отличие от методов кластеризации,


В отличие от методов кластеризации, алгоритмы бикластеризации находят группы генов, проявляющих сходную активность для некоторого подмножества экспериментальных условий. Поэтому подход бикластеризации позволяет успешно решать задачи, в которых возникает одна или сразу несколько таких ситуаций, как:

  • только небольшое множество генов, участвующих в клеточном процессе, представляют интерес;


  • интересующий исследователя клеточный процесс происходит только при некотором подмножестве условий;


  • один ген может участвовать во многих взаимодействиях, которые как могут быть совместно активными, так и не могут для всех условий.


  • Поэтому предлагаемые методы бикластеризации должны следовать требованиям, перечисленным ниже.

  • Кластер генов необходимо определять в соответствии только подмножеству условий.

  • Кластер условий необходимо определять в соответствии только подмножеству генов.

  • Кластеры не должны быть исключающими и/или полными (гены или условия могут принадлежать ко многим кластерам или вообще ни к одному, а также могуть быть сгруппированы по подмножеству условий или генов соответственно).


  • В качестве дополнительного требования можно отметить робастность, понимаемую как наличие мощного (с точки зрения сложности процесса генетической регуляции) инструмента анализа и устойчивость к шуму в исходных данных.

    Фактически, мы будем работать с матрицей размера n на m, элементы которой в общем случае представляют собой действительные числа. Абстрагируясь от задач анализа генетических данных мы будем считать, что строкам матрицы соответствуют некоторые объекты, а столбцам — признаки. Пусть дана матрица


    ,


    — строк,


    — число столбцов,


    — множество строк,


    — множество столбцов. Будем использовать


    для обозначения матрицы


    . Если


    и


    подмножества строк и столбцов соответственно, то


    определяет подматрицу


    матрицы


    .

    Кластер строк есть подматрица матрицы


    вида


    , для которой подмножество строк проявляет "сходное поведение" вдоль всего множества столбцов.


    Содержание  Назад  Вперед